La licencia médica es ahora, a partir del 1 de enero de 2021, un certificado electrónico que extiende un médico cirujano, un cirujano dentista o una matrona, ante un embarazo o parto normal, mediante el cual se informa que un trabajador se encuentra incapacitado temporalmente para trabajar, prescribiendo reposo total o parcial, por un lapso de tiempo determinado (con fecha de inicio y fecha de término). Debe presentarse al empleador inmediatamente emitida. Luego el empleador tiene que tramitarlo ante la ISAPRE.
Plazo de la ISAPRE para aprobar, rechazar o modificar una licencia
Dentro de los tres días de plazo que tiene para resolver, la ISAPRE puede verificar los antecedentes médicos o laborales contenidos en el informe:
- Pedir un informe detallado al médico tratante que firmó la licencia médica.
- Ordenar al afiliado su comparecencia a un peritaje o interconsulta con otro profesional.
- Finalmente debe emitir su aceptación, rechazo o modificación de la licencia.
A partir del 1 de enero de 2021, las licencias médicas se deben emitir obligatoriamente de forma electrónica, mediante operadores que actualmente tramitan dichos documentos digitales. Lo anterior, según lo instruido en el decreto Nº 46 que modifica el Decreto Supremo Nº 3, el cual indica que será obligatorio para todos los prestadores médicos la emisión en este formato. Solo podrán tramitarse estos documentos en papel bajo circunstancias muy especiales, como, por ejemplo, en aquellas localidades del país que no tengan conexión a internet.
¿En qué situaciones la ISAPRE o FONASA puede rechazar una licencia médica?
La ISAPRE puede rechazar una licencia médica si, por ejemplo:
- Demuestra que el afiliado no ha cumplido el reposo indicado por el médico.
- Ha realizado trabajos, remunerados o no, durante ese período.
- Ha entregado antecedentes clínicos falsos o
- Ha simulado la enfermedad.
Para los afiliados en ISAPRE, en caso de rechazo o modificación de la licencia, el enfermo puede reclamar ante la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN), correspondiente al domicilio fijado en el contrato de salud, dentro de los 15 días hábiles contados desde la recepción del pronunciamiento de la ISAPRE.
¿Por qué motivos la ISAPRE o FONASA puede rechazar licencias médicas?
Las causales de rechazo de las licencias médica pueden ser de orden médico o jurídico-administrativo.
De orden médico:
• Falta de justificación del reposo porque la contraloría médica considera que no hay una incapacidad laboral temporal que impida que el trabajador asista a trabajar.
• Habiendo estado originalmente impedido de ir al trabajo, el reposo otorgado es excesivo, procediendo que vuelva a trabajar en una fecha anterior. En este caso la licencia se reduce.
De orden jurídico-administrativo:
- No tener la calidad de trabajador dependiente o independiente.
- Presentación de la licencia fuera de plazo por parte del trabajador.
- Presentación de licencias en papel cuando no se justifica.
- Incumplimiento del reposo. (No se considera incumplimiento del reposo la concurrencia a exámenes o procedimientos ordenados por el mismo profesional, lo que deberá acreditarse).
- Realización de trabajos remunerados o no durante el período de reposo dispuesto en la licencia.
- La falsificación o adulteración de la licencia médica.
- La entrega de antecedentes clínicos falsos o la simulación de enfermedad debidamente comprobada.
- La enmendadura en el caso de licencias médicas en papel.

Isapre y FONASA pueden rechazar licencias médicas, ya sea por razones médicas o de orden jurídico-administrativo.
Apelación a Rechazo de Licencia Médica
¿A quién y cómo apelar si la ISAPRE rechaza o reduce la licencia médica?
El trabajador enfermo debe apelar ante la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez, más conocida como COMPIN.
El plazo para apelar una licencia médica es de 15 días hábiles contados desde que el trabajador o la trabajadora recibe la resolución que notifica el rechazo o la reducción de la licencia médica emitida por la ISAPRE. Esta apelación se puede hacer presencial en la oficina del COMPIN que corresponda a su domicilio, pero se recomienda hacerlo en línea a través del sitio web del COMPIN.
Documentación requerida para apelar:
- Formulario tipo de apelación contra ISAPRE (sólo para el trámite presencial que se entrega en las oficinas del COMPIN).
- Cédula de identidad vigente (sólo para el trámite presencial).
- Clave Única del Servicio de Registro Civil e Identificación (solo para trámite en línea).
- Copia del pronunciamiento emitido por la ISAPRE.
De acuerdo a la causal de rechazo, también se debe presentar la siguiente documentación:
- Informe complementario del o de la médico tratante o epicrisis de una hospitalización reciente.
- Resultados de exámenes de laboratorio, imagenología y otros que fueron solicitados por el médico tratante o derivado a interconsulta.
- Colilla de la licencia médica o carta emitida por el empleador que especifique la fecha de recepción de la licencia médica (si el rechazo o la reducción está asociada a la presentación fuera de plazo).
- Acta de la visita domiciliaria efectuada por la ISAPRE (en el caso que exista).
- Otros antecedentes que el interesado considere necesario entregar para la resolución de su caso.
¿A quién y cómo debe apela un trabajador afiliado a ISAPRE que quiere reclamar por el monto pagado en la licencia médica o Subsidio por Incapacidad Laboral SIL?
- Esta apelación debe presentarse ante la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN).
- El plazo para apelar una licencia médica son 15 días hábiles contados desde que el trabajador o la trabajadora recibe la resolución que notifica el rechazo o la reducción de la licencia médica emitida por la ISAPRE.
- Esta apelación se puede hacer presencial en la oficina del COMPIN que corresponda a su domicilio, pero se recomienda hacerlo en línea a través del sitio web del COMPIN.
Para presentar la apelación ante el COMPIN debe acompañar la siguiente documentación:
- Formulario tipo de apelación contra ISAPRE (sólo para el trámite presencial que se entrega en las oficinas del COMPIN).
- Cédula de identidad vigente (sólo para el trámite presencial).
- Clave Única del Servicio de Registro Civil e Identificación (solo para trámite en línea).
- Copia del pronunciamiento emitido por la ISAPRE.
De acuerdo a la causal de rechazo, también se debe presentar la siguiente documentación:
- Contrato de trabajo.
- Tres últimas liquidaciones de sueldo (trabajadores dependientes).
- Seis últimas liquidaciones (trabajadores independientes).
- Certificado de afiliación de la AFP.
- 12 últimas cotizaciones de la ISAPRE.
- 12 últimas cotizaciones de la AFP.
- Formulario Único de Notificación (FUN) vigente de la Isapre.
- Base de cálculo de la ISAPRE.
¿A quién y cómo apelar si FONASA rechaza o reduce la licencia médica de un trabajador enfermo afiliado al sistema de salud pública?
Ante el rechazo o reducción de la licencia médica de trabajadores afiliados a FONASA, deben presenta un recurso de reposición ante el COMPIN.
Este trámite hasta ahora solo se puede hacer presencial en la oficina del COMPIN que correspondiente a su domicilio y debe presentar la documentación que acredite la fundamentación de su apelación.
La apelación a una licencia médica rechazada debe presentarse en los 5 días hábiles contados desde que el trabajador o la trabajadora reciben la resolución que notifica el rechazo o la reducción de la licencia médica.
¿Qué se debe hacer si la ISAPRE o FONASA no dan cumplimiento a lo la resolución favorable del COMPIN?
Sólo en caso que la ISAPRE o FONASA se niegue a pagar el subsidio por incapacidad laboral, existiendo resolución favorable del COMPIN, debe presentar su reclamo directamente en la página web de la Superintendencia de Salud.

Los afiliados a ISAPRE y FONASA tienen el derecho a apelar por la resolución de una licencia médica que considere injusta.
Apelación a Rechazo del COMPIN
¿A qué organismo debe nuevamente apelar el trabajador si el COMPIN rechazó o modificó una licencia médica?
- Si la segunda sentencia ante el COMPIN no fue favorable, ratificando el rechazo de la licencia médica, el trabajador puede apelar a la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO).
- Esta apelación se puede hacer en línea con Clave Única desde la página web de la SUSESO.
Los documentos requeridos de carácter obligatorio son:
- Informe médico tratante legible, actualizado y con fecha.
- Copia de la licencia médica, por ambos lados, con timbre, tramitada en Isapre o COMPIN (solo para licencias en papel).
- Presentación escrita y fundada del rechazo de la licencia médica.
Otros documentos que se pueden presentar son:
- En caso de enfermedad psiquiátrica: certificado de defunción, enfermedades graves o accidentes familiares o personas cercanas, en caso que la licencia médica esté asociado a algún evento particular.
- Certificado de pérdida o daños por aluviones, terremotos, incendios, otros, si hubiese sido afectado por algún evento de esta naturaleza.
- En caso de enfermedad oncológica: informe médico actualizado y con fecha, con copias de exámenes que avalen el compromiso de salud.
- Dictamen Ejecutoriado Trámite de Pensión Invalidez.
- Otros antecedentes patología siquiátrica y medicina interna: informe psicológico, informe de exámenes imagenológicos, resultados de exámenes de laboratorio u otros (epicrisis, protocolo operatorio, copia de ficha clínica, etc.).
- Otros antecedentes patología traumatológica: informe de exámenes imagenológicos, informe médico tratante.
- Otros antecedentes para todas las patologías: informe psicológico, Informe kinesiológico, resultados de exámenes realizados (laboratorio, electrofisiológicos, otros), epicrisis, protocolo operatorio, copia de ficha clínica.